Der erste Beweis für die frühesten Einwohner von Java wurde von Dr. Eugene Dubois im Jahre 1890 entdeckt. Den Fossilien des "Java Mannes" (Pipthecanthropus Erectus), die 500.000 Jahre alt sind, folgten andere Befunde aus späteren Jahren. Die Völkerwanderungen nach Indonesien von mongoloider Abstammung aus China und Tonkin sind bis zu 3000 - 500 v. Chr. zurückzuführen und führten die Kulturen der Neuen Steinzeit, der Bronzezeit und der Eisenzeit, sowie die austronesianische Sprache ein. Indonesien kam unter den Einfluss der indischen Zivilisation durch den sukzessiven Strom von indischen Händlern im ersten Jahrhundert n. Chr., als die großen, an den Hinduismus und Buddhismus gebundene Reiche zu entstehen begannen. Im siebten Jahrhundert expandierte das mächtige, buddhistische, Königreich von Sriwijaya und es war wahrscheinlich zu dieser Zeit, dass die spektakuläre, buddhistische Heilige Stätte von Borobudur in Zentral-Java gebaut wurde. Das dreizehnte Jahrhundert erlebte den Aufstieg des fabelhaften, hinduistischen Reichs von Majapahit in Ost-Java, das das gesamte Indonesien und Teile der malaiischen Halbinsel vereinigte, und zwie volle Jahrhunderte regierte. Überreste dieser glorreichen Zeit in der Gesichte Indonesiens sind die vielen Monumente, die in Java verbreitet sind, wie der Prambanan Tempel in der Nähe von Yogyakarta, der Penatara Templekomplex in Ost-Java, die Tempel von Dieng und viele andere.

Der erste Versuch in Indonesien einzudringen, kam vom mongolischen Kaiser Kubilai Khan, der im Jahre 1293 zurückgedrängt wurde. Mit der Ankunft der arabischen Händler breitete sich der Islam allmählich aus und löste den Hinduismus und Buddhismus als beherrschende Religionen ab. Kleine muslimische Königreiche entstanden, aber keines, das zu stark war, um dem späteren, europäischen Eindringen zu entgegnen. Der erste Europäer, der auf Java Fuss fasste, war Marco Polo im Jahre 1292, aber es war viel später, dass die Portugiesen eintrafen, um im Jahre 1509 dem Handel in Gewürzen nachzugehen und Handelsposten einzurichten, die sie vom strategischen Handelszentrum Malacca auf der malaiischen Halbinsel aus kontrollieren.

Die Höllander folgten nach der Wende des 16. Jahrhunderts und waren erfolgreich im Bemühen, die Portugiesen auf die extrem östlichen Inseln zu vertreiben, wo die Spanier einige Hafen inne hatten. Die Höllander bauten ihren Einfluss auf das gesamte Gebiet im 17. und 18. Jahrhunder aus und hielten es bis zum Ausbruch des zweiten Weltkriegs. Die höllandischen Ostinseln gerieten kurz unter britische Herrschaft (1811 - 1816), als Holland während der Napoleonischen Kriege von Frankreich besetzt war. Sir Thomas Stamford Raffles, der britische Vizegouverneur von Java und seinen Schutzgebieten, war bekannt für seine liberale Einstellung zu den Menschen unter kolonialer Herrschaft und für seine Forschung der Geschichte Javas. Lange, blutige Kriege wurden von den Einheimischen gegen die höllandische Kolonialregierung geführt, während Unabhängigkeitsbewegungen am Anfang des 20. Jahrhunderts anstiegen. Mit der Kapitulation der Japaner im Jahre 1945 verkündete Indonesien am 17. August des gleichen Jahres seine Ünabhängigkeit. Die zurückkehrenden Höllander widersetzten sich verbittert gegen die Nationalbewegungen in den darauffolgenden, intermittierenden Kämpfen. Schließlich wurde ein Abkommen in Den Haag unter der Federführung der Vereinten Nationen getroffen, als Indonesiens Souveranität über die ehemaligen holländischen Ostinseln am 9. Dezember 1949 anerkannt wurde.

Nachdem alle regionalen Unabhängigkeitskämpfe scheiterten, wollten indonesische Nationalisten eine besser organisierte Kraft gegen die holländischen Kolonialherrscher führen.Die Bewegung begann mit der Gründung von Boedi Oetomo am 20 Mai 1908. Diese Organisation wurde ursprünglich zu Erziehungs- und Bildungszwecken gegründet, ging aber später in die Politik.

Sie wurden durch den Japanischen Sieg über Russland im Jahr 1901 angespornt, welche auch den nationalen Bewegungen Indonesiens Antrieb gab.
Der Gründer von Boedi Oetomo war Dr. Sutomo, der zu diesem Zeitpunkt Student der STOVIA war, einer Institution zu Ausbildung von indonesischen Amtsärzten. Dr. Sutomo wurde sehr stark von Dr. Wahidin Soedirohoesodo beeinflusst und von Gunawan und Suradji unterstützt.

Im Jahre 1912 wurde Sarekat Dagang Islam, eine Organisation islamischer Kaufleute, von Haji Samanhudi und anderen gegründet. Ihre Absicht war als erstes das Interesse für Geschäfte in den „niederländisch Ost Indien„ anzukurbeln und für die Geschäfte zu werben. Jedenfalls wechselte 1912 die Organisation aus mittelständigen Geschäftsleuten in eine politische Partei und wurde in Sarekat Islam umbenannt, welche unter der Führung von H.O.S. Tjokroaminoto, Haji Agnes Salim und anderen stand.

Im Jahre 1912 wurde Muhammadiyah, eine progressiv muslimische Organisation, von K.H. Akhmad Dahlan in Yogyakarta für den Zweck von sozialen und wirtschaftlichen Reformen gegründet.

Im Dezember desselben Jahres wurde die Partai Indonesia von Douwes Dekker, sein späterer Name Setiabudi, mit Dr. Tjipto Mangunkusumo und Ki Hajar Dewantoro gegründet. Die Absicht der Partei war die komplette Unabhängigkeit Indonesiens. Alle drei Führer der Partei wurden 1913 ins Exil verschoben. Im Jahre 1914 wurde der Kommunismus von drei Holländern, Sneevliet, Baars und Brandsteder vorgestellt. Im Mai 1920 wurde Sarikat Islam in einen rechten und linken Flügel gespalten, wovon der linke Flügel später zur Partai Kommunis Indonesia (PKI, Indonesische Kommunistische Partei) unter der Führung von Semaun, Darsono, Alimin, Muso und anderen gegründet wurde.

Der Rat der „machtlosen Leute“ oder Volksrad

Sarikat Islam hielt 1916 seine erste Versammlung in Bandung und stellte einen Antrag für eine Eigenständige Regierung für Indonesien in Zusammenarbeit mit den Holländern. Als Sarikat Islam einen Anteil an der gesetzgebenden Macht der Kolonie, reagierten die Holländer, indem sie das Volksrad 1918 gründeten, das praktisch ein Rat von „machtlosen Leuten“ mit einem beratenden Status war.

Die indonesischen Repräsentanten des Rates wurden indirekt durch regionale Räte gewählt, und einige andere Mitglieder wurden zu Kolonialbeamten ernannt.
Das Volksrad entwickelte später sich zu einer halb-gesetzgebenden Versammlung. Unter den Mitgliedern des Volksrad gehörten bekannte nationalistische Führer wie Dr. Tjipto Mangunkusumo, H.O.S. Tjokroaminoto, Abdul Muis, Dr. G.S.S.J. Ratulangi, M.H. Thamrin, Wiwoho, Sutardjo Kartohadikusumo, Dr. Radjiman und Soekardjo Wiryopranoto.
Unter dem Druck der sozialen Unruhen in den Niederlanden am Ende des Ersten Weltkrieges, versprachen die Holländer den Indonesiern eine eigenständige Regierung zu bewilligen. Dieses wurde das „November Versprechen“ genannt Es war ein Versprechen, daß aber nie eingehalten wurde.
Außer dem Volksrad gab es eine andere Versammlung, der Raad van Indie oder „der Rat der Inseln,“ genannt, deren Mitglieder durch die Regierung ernannt wurden. Achmad Djajadiningrat und Sujono gehörten zu den wenigen indonesischen Mitgliedern dieses Rates an.

Die 1923 verschlechternde Wirtschaftslage und erhöhte Arbeitsniederlegungen zwangen die Kolonialregierung strengere Beschränkungen auf indonesische Zivilfreiheiten zu setzen und Änderungen zu den Kolonialgesetzen und den Strafcodes zu bilden. Die Freiheit der Versammlung, der Rede und des Ausdruckes im Schreiben wurden eingeschränkt.

Weiteres Wachstum der indonesischen Organisationen

Trotz der politischen Beschränkungen gründete am 3. Juli 1922 Ki Hajar Dewantoro Taman Siswa, eine Organisation, um das Bildungswesen zu fördern. In Jahr 1924 wurde die indonesische Studenten-Verbindung, „Perhimpunan Mahasiswa Indonesien“, durch Mohammad Hatta, Dr. Sukiman und anderen gebildet. Diese Organisation wurde eine Antriebskraft der nationalistischen Bewegung, um die Unabhängigkeit zu erreichen. Die indonesische kommunistische Partei (PKI) inszenierte Unruhen gegen die Kolonialregierung im November 1926 in Westjava und im Januar 1927 in West Sumatra. Nach ihrer Unterdrückung verbannte die Regierung auch viele nicht kommunistische nationalistische Führer nach Tanah Merah in Irian Jaya, welches die Holländer „Boven Digul“ nannten. Dr. Tjipto Mangunkusumo wurde nach Bandaneira verbannt.

Im Februar 1927 hielten Mohammad Hatta, Achmad Soebardjo und andere Mitglieder der Indonesischen Bewegung die erste internationale Versammlung der „Liga gegen Imperialismus und Kolonialunterdrückung“ in Brüssel, zusammen mit Jawaharlal Nehru und vielen anderen vorstehenden nationalistischen Führern aus Asien und Afrika. Im Juli 1927 bildeten Soekarno, Sartono und andere die indonesische nationalistische Partei (PNI), die Bahasa Indonesien als die Amtssprache annahm. Diese Partei nahm eine militante nicht kooperative Politik mit der Regierung als das Resultat eines grundlegenden Interessenkonflikts zwischen indonesischem Nationalismus und holländischem Kolonialismus an. Im gleichen Jahr wurde eine gesamt indonesische Bewegung durch die indonesische Jugend organisiert, um frühere Organisationen zu ersetzen, die sich nur auf regionaler Basis, wie die Organisationen „junges Java“, „junges Sumatra“ und „junges Ambon“ konzentrierten.

Am 28. Oktober 1929 gaben Delegierte zum zweiten indonesischen Jugend-Kongress in Jakarta einen Treueschwur ab, „ein Land, eine Nation und eine Sprache, Indonesien.“ Besorgt über das wachsende nationale Bewusstsein, hielten die Kolonialbehörden den PNI Führer, Soekarno, im Dezember 1929 fest, was zu heftigen Protesten im ganzen Land führte. Im Jahr 1930 befand sich die Welt in einer ökonomischen und Währungskrise. Die starke Auswirkung der Krise spürte man auch in Indonesien, einem Land das hauptsächlich Rohstoffe produziert.

Die Kolonialregierung reagierte mit einer strengen Haushaltspolitik, die die ökonomischen und Sozialbedingungen verschlimmerte. Zwei andere Führer des PNI, Gatot Mangkupradja und Maskun Supriadinata, wurden verhaftet und bei Gericht wegen versuchten Aufständen gegen die Regierung festgehalten. Soekarno wurde im September 1931 freigelassen jedoch im August 1933 wieder ins Exil geschickt. Er blieb unter holländischer Aufsicht bis zur japanischen Invasion 1942.

Im Januar 1931 gründete Dr. Soetomo, die indonesische Einheits-Partei „Persatuan Bagsa Indonesia“. Seine Zielsetzung war, den Sozialstatus der indonesischen Leute zu verbessern. Im April des gleichen Jahres, wurde PNI aufgelöst. Eine neue Partei wurde von Sartono, LLM gebildet und Partai Indonesia, die indonesische Partei genannt. Seine Grundlage war Nationalismus und seine Linie Unabhängigkeit. 1931 bildete auch Sutan Syahrir “Pendidikan Nasional Indonesia“. Bekannt als das neue PNI, zur Förderung im Bildungswesen. Mohammad Hatta trat der Organisation bei. 1933 brach eine Meuterei auf dem Kriegsschiff „De Zeven Provincien“ aus, für welche indonesische Nationalisten verantwortlich gemacht wurden. Im folgenden Jahr wurden Sutan Syahrir, Mohammad Hatta und andere nationalistische Führer festgenommen und bis 1942 ins Exil geschickt. 1935 vereinte Soetomo „Persatuan Bangsa Indonesien“ und „Boedi Oetomo“, um die Partai Indonesien Raya (Parindra) zu bilden. Sein grundlegendes Ziel war die Unabhängigkeit von einem großen Indonesien. Im Juli 1936 reichte Sutardjo beim „Volksrad“ eine Petition ein, die für eine größere Autonomie für Indonesien bat. Diese Petition wurde einfach vom holländisch dominierenden Rat zurückgewiesen. Im Jahre 1937 gründete A.K. Gani die indonesischen Bewegung, Gerakan Rakyat Indonesia, das auf den Grundregeln von Nationalismus und von Sozialunabhängigkeit basierte. Im Jahre 1939 verlangte die „Gesamt indonesische politische Vereinigung“, GAPI, die Einrichtung eines indonesischen Parlaments. Diese Nachfrage wurde durch die Regierung in Holland 1940 zurückgewiesen.
GAPI verlangte auch einen indonesischen militärischen Service mit dem Ziel das Land zu Zeiten des Krieges zu verteidigen. Wieder wurde dieses, ungeachtet des bevorschwebenden Ausbruchs des Zweiten Weltkrieges, abgelehnt. Zu dieser Zeit gab es weit verbreitete Bewegungen für Grundlage- und Progressistverbesserungen in den Kolonien und Abhängigkeiten in Asien.

Nach ihren Angriff auf Pearl Harbour in Hawaii, bewegten sich die Japanischen Streitkräfte in Richtung Süden um einige Südostasiatische Länder zu besetzen. Nachdem Singapur gefallen war, besetzten sie Niederländisch Indien nachdem die Kolonialarmee im März 1942 kapitulierte. Soekarno und Hatta wurden von ihrer Gefangenschaft befreit. Die Japaner begannen ihre Propaganda Kampagne welche sie "Great East Asia Coprosperity" nannte. Doch die Indonesier merkten bald, dass es eine Tarnung für Japanischen Imperialismus anstelle der niederländischen Kolonieherrschaft war.
Um schneller die indonesische Unabhängigkeit zu erlangen, kooperierten Soekarno und Hatta mit den japanischen Verantwortlichen.
In Wirklichkeit aber gingen die Indonesischen Nationalisten in den Untergrund und planten Unruhen in Blitar (Ost Java), Tasikmalaya und Indramayu (West Java), und in Sumatra und Kalimantan.
Unter dem Druck des 4. Pacific Krieges, indem die Handelswege unterbrochen waren und die indonesischen Aufstände immer größer wurden, gaben die Japaner nach, die Erlaubnis die rot-weiße Fahne als die Indonesische Nationalflagge zu hissten.
Die Annerkennung der „ Indonesia Raya“ als Nationalhymne und Bahasa Indonesia als Nationalsprache folgten. Nun wurde das versprechen der Jugend von 1928 Wirklichkeit.
Nach zunehmendem Druck gaben die Japaner die Zivilleitung des Landes in indonesische Hände. Dies war zugleich die optimale Gelegenheit für die nationalistischen Führer die Proklamation von Indonesiens Unabhängigkeit vorzubereiten.