Indonesien ist der größte Archipel der Welt. Er besteht aus fünf Hauptinseln und 30 kleineren Inselgruppen, insgesamt 17.508 Inseln, von denen ungefähr 6.000 bewohnt sind. Das Land erstreckt sich über 5.150 Kilometer zwischen Australien und dem asiatischen kontinentalen Festland und teilt den Pazifik und den Indischen Ozean am Äquator. Der Name "Indonesien" setzt sich aus zwei griechischen Wörtern zusammen : "Indos" – indianisch und "Nesos" - Inseln. Die fünf größten Inseln sind Kalimantan (die indonesischen zwei Drittel der Insel Borneo) mit 539.450 km², Sumatra mit 473.952 km², Sulawesi mit 189.035 km² und Java, einschließlich der kleinen Nachbarinsel Madura, mit 132.035 km².
Indonesien, eine demokratische Republik, ist in 32 Provinzen und Sonderregionen eingeteilt und geografisch in vier Gruppen gegliedert. Die Großen Sundainseln umfassen als größte Inseln Sumatra, Java, Kalimantan und Sulawesi. Die Kleinen Sundainseln schließen sich östlich an die Großen Sundainseln an. Sie reichen von Bali bis nach Timor im Osten. Zu den Molukken gehören alle Inseln zwischen Papua und Sulawesi. Der östliche Teil von Papua stellt die vierte Gruppe dar. Die strategische Position und die Geografie des Archipels haben die politische und wirtschaftliche Geschichte Indonesiens beeinflusst.

Indonesiens Klima ist vorwiegend tropisch. Der Ostmonsun von Juni bis September bringt trockenes Wetter, der Westmonsun von Dezember bis März Feuchtigkeit und Regen. Die Übergangszeit zwischen diesen beiden Perioden ist von gelegentlichen Regenschauern gekennzeichnet. Sogar in der Mitte der Westmonsunzeit reichen die Temperaturen von 21°C (70°F) bis 33°C (90°F). Nur in Höhenlagen ist es sehr viel kühler. Die stärksten Regenfälle gibt es im Dezember und Januar. Die Luftfeuchtigkeit beträgt zwischen 60 und 100 Prozent.

Der britische Naturforscher A.R. Wallace (1823-1913) postulierte eine imaginäre Linie als Trennlinie zwischen asiatischer und australischer Fauna. Sie wurde nach ihm Wallace-Linie benannt und verläuft zwischen Bali und Lombok, nördlich zwischen Kalimantan und Sulawesi hindurch, südlich zu den Philippinen und dem Norden Hawaiis. Diese Theorie erklärt wohl, warum es in Indonesien sowohl asiatische als auch autralische Faunagattungen gibt. Es gibt aber auch Gattungen, die nur in Indonesien heimisch sind. Bekannte Beispiele sind die Orang-Utans in Sumatra und Kalimantan oder der Komodo-Waran, eine Riesenechse, die heute nur noch auf der Insel Komodo in freier Wildbahn lebt. Auch das einhörnige Rhinozeros von Java, die wilden "Banteng"-Ochsen und viele andere einzigartige Arten leben heute in Naturschutzgebieten. Die Flora Indonesiens reicht von der winzigen Orchidee bis zur größten Pflanze der Welt: der "Rafflesia", deren Blüte einen Durchmesser von beinahe einem Meter (3,2 Fuß) hat. Die vielfältige Flora Indonesiens kann in den Botanischen Gärten von Bogor besichtigt werden. Landwirtschaftliche Produkte sind beispielsweise Kautschuk, Kokusnuss, Kaffee, Tee, Kakao, Mais, Gewürze, Kapok (Pflanzendaunen), Tabak, Reis sowie Gemüse und Obst. Indonesiens Holzressourcen gehören zu den umfangreichsten der Welt mit einer besonders hohen Dichte an tropischem Hartholz. Das Gesamtgebiet der staatlich kontrollierten Wälder erstreckt sich auf ca. 12,9 Millionen Hektar. Meranti macht ca. 56 Prozent der Holzausfuhr aus. Andere exportierte Holzarten sind Ramin, Agathis, Teak, Kiefer sowie eine Auswahl anderer Hölzer in kleineren Mengen, Rattan und Bambus.