Laut der geänderten Verfassung von 1945 gibt es jetzt sieben Staatsorgane :

1. die Beratende Volksversammlung (Majelis Permusyawaratan Rakyat)
2. die Präsidentschaft
3. das Parlament (Dewan Perwakilan Rakyat)
4. den Staatlichen Rechnungshof (Badan Pemeriksa Keuangan)
5. den Obersten Gerichtshof (Mahkamah Agung)
6. das Verfassungsgericht (Mahkamah Konstitusi)
7. den Regionalen Beirat (Dewan Perwakilan Daerah)

Paragraf 1 der geänderten Verfassung von 1945 legt fest, dass Indonesien ein einheitlicher Staat ist, der die Form einer Republik mit einer Souveränität des Volkes inne hat und der in Übereinstimmung mit der Verfassung geführt wird. Die Beratende Volksversammlung hat die Befugnis die Verfassung zu ändern und festzulegen, und den Präsidenten und Vizepräsidenten zu vereidigen. Laut der Verfassung von 1945 ist die Versammlung nicht mehr das höchste, politische Gremium des Staates. Die Versammlung wählt nicht mehr den Präsidenten und Vizepräsidenten, weil der Präsident und Vizepräsident als Paar direkt vom Volk gewählt werden. Die Mitgliedschaft der Versammlung besteht aus 550 Mitgliedern des Parlaments und eine Anzahl Mitglieder aus dem Regionalen Beirat, das durch allgemeine Wahlen gewählt wird. Laut der Verfassung von 1945 werden die regionalen Abgesandten und die Abgesandten von funktionellen Gruppierungen nicht mehr wie zuvor zur parlamentarischen Mitgliedschaft berufen. Auf der Grundlage der Verordnung Nr. VII/MPR/1998 unterscheidet sich der Vorsitzende der Beratenden Volksversammlung vom Vorsitzenden des Parlaments. Laut der Verfassung von 1945 wird der Vorsitzende der Beratenden Volksversammlung von drei Vizevorsitzenden assistiert, die die Gruppierung I des Parlaments und des Regionalen Beirats reflektieren und die von und unter einigen Mitgliedern der Beratenden Volksversammlung in einer Plenarsitzung gewählt werden.

Im Regierungssystem von Indonesien ist der Präsident Staatsoberhaupt und Regierungschef zugleich. In der Ausführung seiner Pflichten wird der Präsident von einem Vizepräsidenten assistiert. Laut der geänderten Verfassung von 1945 werden der Präsident und der Vizepräsident als Paar direkt vom volk gewählt. Die Amtszeit des Präsidenten und Vizepräsidenten beträgt fünf Jahre und sie können nur für eine weitere Amtszeit in der gleichen Position wieder gewählt werden. Der Präsident hat das Recht, dem Parlament Gesetzesentwürfe vorzulegen und gesetzliche Regulierungen zu bestimmen, um die Durchführung der Gesetze zu beschleunigen. Der Präsident und Vizepräsident können von der Beratenden Volksversammlung vorzeitig aus dem Amt entlassen werden, beruhend auf den Antrag des Parlaments, entweder wenn es bewiesen ist, das er/sie sich schuldig gemacht hat, gegen das Gesetz verstoßen zu haben, z.B. Landesverrat, Korruption, Bestechung, oder irgendein anderes großes Verbrechen, oder unzüchtiges Verhalten, oder wenn es bewiesen ist, dass er/sie nicht mehr die Qualifikationen eines Präsidenten und/oder Vizepräsidenten erfüllen.

Die gesamte Mitgliedschaft des Parlaments beträgt 500, allesamt Mitglieder, die durch eine allgemeine Wahl gewählt wurden. Während der allgemeinen Wahlen bilden die Provinzen Wahlkreise und sind berechtigt, von gewählten Mitgliedern vertreten zu werden, deren Zahl von der Teilung der provinziellen Bevölkerung durch 400.000 abgeleitet wird. Provinzen, die sehr kleine Bevölkerungen haben, werden von einer Zahl von gewählten Mitgliedern vertreten, die nicht weniger als die Zahl der Bezirke in der Provinz sind und jeder Bezirk wird nicht weniger als einen Abgeordneten haben.

Die Aufgaben des Staatlichen Rechnungshof werden im Paragraf 23 der Verfassung von 1945 dargestellt. Seine Hauptaufgabe ist es, das Finanzkonto der Regierung offiziell zu untersuchen. Die Ergebnisse des Rechnungshofes werden dem Parlament vorgelegt, der den Regierungshaushalt bewilligt. In seiner jährlichen Staatsanrede am 16. August erstattet der Präsident dem Parlament Bericht über die Leistung der Regierung während des Letzten Finanzjahres. Ein ausführlicher Bericht über den Fortschritt in Entwicklung und Verwaltung liegt im Anhang der Präsidentenrede vor.

Der Oberste Gerichtshof ist der juristische Arm des Staates und existiert neben den gesetzgebenden und ausführenden Zweigen. Er genießt einen unabhängigen Status im sozialpolitischen Gewebe. Erst im Jahre 1968 wurde die Umstrukturierung des Obersten Gerichtshof abgeschlossen, um die in der Verfassung von 1945 ausgesetzten Bedingungen zu erfüllen, z.B. frei von staatlicher Intervention in der Ausübung des Rechts zu sein. Im Jahre 1970 wurde ein Gesetz erlassen, das den Grundsatz der juristischen Vollmachten Indonesiens festgelegt hat.

Das Verfassungsgericht hat die Befugnis in der ersten und letzten Instanz zu richten, dessen gerichtliche Entscheidung für Gesetze gegen die Verfassung ist unabänderlich, es verfügt über die Konflikte zwischen den Behörden in den staatlichen Institutionen, dessen Autorität von der Verfassung genannt wird, es entscheidet über die Auflösung von politischen Parteien und löst Streitfragen um die Ergebnisse allgemeiner Wahlen. Es muss auch richten, wenn nach Meinung des Parlaments nach der Verfassung eine Vermutung von Amtsverletzung des Präsidenten und / oder Vizepräsidenten vorliegt.

Der Regionale Beirat (DPD) ist eine regionale, beratende Institution, die den Status einer staatlichen Institution hat. Er wird nach Paragraf 22C der Verfassung von 1945 und gemäß Gesetz Nr. 22 aus dem Jahr 2003 über Struktur und Status der Beratenden Volksversammlung (MPR), des Parlaments (DPR), des Regionalen Beirats (DPD) und des Regionalen Parlaments (DPRD) gebildet. Die Gründung des DPD bezweckt, demokratisches Leben zu verbessern, indem die regionalen Volksvertretungen durch die Durchsetzung von Pflichten und Vollmachten gesichert werden, außerdem den Mechanismus von Kontrolle-und-Gleichgewicht zwischen den gesetzgebenden und ausführenden Organen zu entwickeln, und die Qualität, Leistungsfähigkeit und Leistung der Mitglieder der beratenden und stellvertretenden Organe des Volkes und der Regionen zu verbessern, im Hinblick, Recht und Wohlstand für das Volk zu gewährleisten.
Der DPD besteht aus regionalen Abgeordneten aus den Provinzen, die durch allgemeine Wahlen gewählt werden. Der Wahlbereich der DPD-Mitglieder sind die Provinzen, und die Zahl der DPD-Mitglieder für jede Provinz sind 4 (vier) Personen, wobei die GEsamtzahl aller DPD-Mitglieder nicht 1/3 (ein Drittel) der Zahl der DPR-Mitglieder überschreiten soll. Die Bestimmung der vom DPD gewählten Kandidaten beruht auf den Namen des Kandidaten, der die erst-, zwei-, dritt- und viert-größte Zahl in der betroffenen Provinz hat. Die Kandidaten für die DPD-Mitgliedschaft sollten folgenden Anfordetrungen gerecht werden :
mindestens drei aufeinanderfolgende Jahre in der betroffenen Provinz wohnhaft gewesen zu sein, gezählt wird bis zum Datum, an dem die Kandidatur eingereicht wurde, oder 10 (zehn) Jahre nach dem 18. Lebensjahr in der betroffenen Provinz wohnhaft gewesen zu sein, und während mindestens vier Jahren kein Organisator einer politischen Partei gewesen zu sein, gezählt wird bis zum Datum der Einreichung der Kandidatur. Wobei die Kandidaten, die Begördenbedienstete sind, Mitglieder des indonesischen Militärs oder der indonesischen Polizei, von ihren Ämtern oder Organisationen ausscheiden sollten.
Der DPD kann dem DPR Gesetzesentwürfe unterbreiten, die die regionale Autonomie, die Beziehungen zwischen der zentralen und den regionalen Regierungen, die Gründung und Entwicklung neuer Regionen, das Management von Bodenschätzen und wirtschaftlichen Einnahmen, die sich auf die zentrale und regionale Bankgeschäfte beziehen, betreffen. Dementsprecend berücksichtigt der DPD auch den DPR, wenn es um die Gesetzesentwürfe des Staatshaushalts geht, in Bezug auf Steuer, Bildungswesen und Glaubensangelegenheiten, und beaufsichtigt den DPR. Der DPD soll sich mindestens einmal im Jahr versammeln. Die Amtszeit für den DPD beträgt fünf Jahre und DPD-Mitglieder sind kündbar, die Voraussetzungen und Vorgänge werden gesetzlich festgelegt.